Walter Sergei Skinner az FBI egyik aligazgatója volt, aki alá az X-akták is tartoztak. Skinner aligazgató kifogásolta Mulder elméleteit és nyomozási stílusát, mely az első évad 21. részében (A Gumiember visszatér) ahhoz vezetett, hogy elengedjék Eugene Toomst, egy Mulder által elfogott paranormális erővel rendelkező sorozatgyilkost, reális bizonyítékok híján.

Azonban többször is segítette a két ügynök munkáját. Miután Scullyt elrabolták, majd idegen DNS-sel fertőzték meg, Mulder arra kéri, hogy szervezzen meg találkozót közte és a Cigarettázó Férfi között, ő ezt a hivatalban elutasítja. Később azonban a nyomozó kézhez kapott egy cigarettás dobozt, amelyben megtalálta a Cigarettás címét. A második évad utolsó részében egy hacker, a Gondolkodó, betört a Védelmi Minisztérium hálózatába, és letöltötte az idegenek létezésére vonatkozó anyagokat. Az ebből készült kazettát átadta Muldernek, azonban az navajo nyelven íródott, így az ügynök egy szakember segítségére szorult, a Cigarettázó Férfi katonái pedig üldözni kezdték. Végül Skinner ragaszkodott hozzá, hogy nála legyen a kazetta, amit végül elloptak tőle. Ennek ellenére sarokba szorította a Cigarettást, mondván, hogy a navajo kódfejtő elolvasta a kazettát és továbbadta azt a törzsében. Megfenyegeti a Cigarettázó Férfit, hogyha Muldernek vagy Scullynak bármi baja esik, akkor leleplezi az egész társaságot.
Ügynökei védelméért többször próbáltak gyilkosságot megkísérelni ellene, mint az harmadik évad Piper Maru című részében, vagy gyilkosság gyanúját terelni rá, vagy nanorobotokkal fertőzni a vérét, melyek szívinfarktushoz vezetnek.

Forrás:
http://hu.wikipedia.org/wiki/X-akt%C3%A1k